Protozoa bereproduksi dengan cara membelah diri, yaitu dengan cara membagi tubuhnya menjadi dua bagian yang sama besar. Cara reproduksi ini disebut dengan pembelahan biner. Pembelahan biner terjadi pada protozoa yang bersel tunggal, seperti Amoeba dan Paramecium.
Reproduksi dengan cara pembelahan biner sangat penting bagi protozoa karena merupakan cara yang cepat dan efisien untuk memperbanyak diri. Selain itu, pembelahan biner juga memungkinkan protozoa untuk memperbaiki sel-sel yang rusak atau hilang.